La souche Omicron s’est probablement développée en Afrique de l’Ouest, selon une étude parue dans « Science »

Le schéma de mutation des ancêtres d’Omicron a été retracé grâce au séquençage de 13 097 échantillons provenant de 22 pays africains.

Omicron, la souche de coronavirus actuellement dominante, est probablement originaire d’Afrique de l’Ouest, même si elle a été identifiée pour la première fois dans le sud du continent, selon une étude menée par l’Université Stellenbosch d’Afrique du Sud et l’hôpital de La Charité-Universitatsmedizin de Berlin.

L’étude, basée sur 13 097 échantillons d’infections à Covid-19 provenant de 22 pays africains, a montré que la lignée omicron BA.1 a d’abord émergé dans l’ouest du continent, où peu de tests et encore moins de séquençage de gènes ont lieu. BA.1 a été la première souche Omicron. Elle a depuis continué à muter. « Les analyses phylogéographiques confirment l’origine de BA.1 en Afrique de l’Ouest avant sa propagation en Afrique australe », indiquent les chercheurs dans l’étude publiée, jeudi 1er décembre, dans la revue Science.

Des échantillons prélevés au Bénin entre le 22 août et le 27 octobre 2021 présentent des traces d’ancêtres de l’omicron, de même que trois échantillons prélevés au Nigeria, précisent les chercheurs. Omicron a été identifié pour la première fois au Botswana et en Afrique du Sud en novembre de la même année et un pic exponentiel d’infections avait suivi en Afrique du Sud, avant qu’un schéma similaire n’apparaisse dans d’autres parties du monde.

L’étude va à l’encontre de la théorie selon laquelle Omicron est apparu en Afrique du Sud à la suite d’une infection à long terme par un coronavirus chez un individu immunodéprimé, probablement une personne infectée par le VIH, un virus qui attaque le système immunitaire et qui sévit dans le sud du continent.

Flambée passée inaperçue

« Le schéma de mutation des ancêtres d’Omicron et des souches d’Omicron déposées dans les bases de données publiques différait sensiblement du schéma de mutation Sars-Cov-2 chez les individus immunodéprimés, ont déclaré les chercheurs. Nos données suggèrent une évolution prolongée et géographiquement étendue des ancêtres d’Omicron chez les patients à travers l’Afrique. »

Les mutations des coronavirus, qui se produisent lorsque le virus tente de contourner les défenses immunitaires de l’organisme, ont été identifiées dans des cas de fortes poussées d’infection. Les variants Alpha, Beta, Gamma et Delta avaient été identifiés pour la première fois au cours de périodes comme celle du Royaume-Uni, de l’Afrique du Sud, du Brésil et de l’Inde.

En Afrique de l’Ouest, la flambée des infections est passée largement inaperçue en raison de la faiblesse des systèmes de santé nationaux. Le Centre ouest-africain de biologie cellulaire des agents pathogènes infectieux de l’université du Ghana estime que la plupart des Africains de l’Ouest ont été infectés par le coronavirus, même si relativement peu de cas et de décès ont été signalés.

La découverte d’Omicron en Afrique australe avait rapidement entraîné des mesures d’interdiction de voyager dans les pays de la région, ce qui a durement perturbé la croissance économique du continent. L’Afrique du Sud a développé certaines des meilleures installations de séquençage génétique au monde alors qu’elle était confrontée à de grandes épidémies de VIH et de tuberculose.

SOURCE WEB PAR LEMONDE